cctbx.development package

Submodules

• cctbx.development.cns_density_modification module
  • do_dirty_work()
  • run()
• cctbx.development.debug_utils module
  • get_test_space_group_symbols()
  • loop_space_groups()
  • parse_options_loop_space_groups()
  • random_origin_shift()
• cctbx.development.direct_or_fft module
  • dummy_miller_set()
  • dummy_structure()
  • get_times()
  • run()
  • run_call_back()
• cctbx.development.electron_density_sampling module
  • run()
  • timings()
• cctbx.development.fmt_utils module
  • MathFormMx33()
  • MathFormVec3()
  • MathForm_adp()
  • dot6fdot()
  • dot6fdot_list()
  • dot6g_list()
  • dot6gdot()
  • dot6gdot_list()
  • xtal6g()
  • xtal6g_list()
• cctbx.development.make_cns_input module
  • coordinates()
  • exercise()
  • parameter_nbonds
  • parameter_nonb
  • run()
  • run_call_back()
  • script_predict_methods_comparison()
  • script_vdw_energy()
  • script_xray_gradients()
  • topology()
  • tst_run_requiring_cns()
  • write()
  • xray_anomalous()
  • xray_declare()
  • xray_generate()
  • xray_gradients()
  • xray_mapresolution()
  • xray_method()
  • xray_predict()
  • xray_reflection()
  • xray_structure()
  • xray_symmetry()
  • xray_unit_cell()
• cctbx.development.make_settings module
  • run()
• cctbx.development.random_structure module
  • have_suitable_hetero_distance()
  • random_elements()
  • random_modify_adp_and_adp_flags()
  • random_modify_adp_and_adp_flags_2()
  • random_modify_site()
  • random_site()
  • random_sites()
  • wyckoff_pair_generator
    • wyckoff_pair_generator.loop()
  • xray_structure
    • xray_structure.build_scatterers()
    • xray_structure.random_modify_fdp()
    • xray_structure.random_modify_fp()
    • xray_structure.random_modify_occupancy()
    • xray_structure.random_modify_parameters()
    • xray_structure.random_modify_site()
    • xray_structure.random_modify_u_iso()
    • xray_structure.random_modify_u_star()
• cctbx.development.run_shelx module
  • FIX()
  • HKLF()
  • NOFIX()
  • SFAC_DISP_UNIT()
  • atoms()
  • calculate_cell_content()
  • check_anisou()
  • check_r1()
  • exercise()
  • pre_check()
  • run()
  • run_call_back()
  • run_shelx()
• cctbx.development.run_shelx76 module
  • atoms()
  • exercise()
  • run()
  • run_call_back()
  • run_shelx76()
  • sfac_unit()
  • write_shelx76_ls()
• cctbx.development.space_group_option_parser module
  • space_group_option_parser
    • space_group_option_parser.process()
    • space_group_option_parser.processed_options_type
    • space_group_option_parser.space_group_sets
  • space_group_processed_options
    • space_group_processed_options.loop_over_space_groups()
• cctbx.development.structure_factor_utils module
  • check_correlation()
  • check_phase_restrictions()
  • check_regression()
  • collector
    • collector.add()
    • collector.report()

Module contents